Wybór księcia na naczelnego dowódcę nie powinien budzić zdziwienia, jeśli weźmiemy pod uwagę, kim był jego monarcha, król Filip II. Król był autokratą i biuralistą, rządził swoim imperium zza biurka, przy którym spędzał wiele godzin dziennie, drobiazgowo analizując raporty. Na dowódcę Filip II wyznaczył księcia Medina-Sidonia, znanego jako dobry administrator, mającego lojalnie wykonywać królewskie rozkazy, stojącego na tyle wysoko w hierarchii społecznej, aby narzucić swą wolę kierującym flotą admirałom. Należy bowiem pamiętać, że poprzedni dowódca Armady, markiz Santa-Cruz, nieraz sprzeciwiał się królewskim rozkazom. Doradcami morskimi księcia zostali doświadczeni admirałowie Juan Martinez de Recalde (dowódca floty rezerwowej) i Diego Flores de Valdez (szef sztabu).
Dowódca Wielkiej Armady Książę Medina-Sidonia energicznie przystąpił do pracy, nadrabiając zaległości, które zostawił mu poprzednik;