20 czerwca 2021 r. została otwarta nowa siedziba muzeum w budynku dawnego przedszkola przy ul. Staroszkolnej 10, w którym znajduje się również Centrum Edukacyjno-Społeczne na Okolu.
W 2022 w pobliżu muzeum powstał mural, przedstawiający inicjatorów budowy Kanału Bydgoskiego (Fryderyk Wielki, Franz von Brenkenhoff)Fryderyk II Wielki wizytuje budowę kanału. W Bydgoszczy powstał interesujący mural.
Działalność Statutowymi celami działalności muzeum są m.in.: gromadzenie i udostępnianie pamiątek związanych z Bydgoskim Węzłem Wodnym, ocalenie pamięci o twórcach kanału oraz o ludziach, którzy swoje życie związali z żeglugą śródlądową i hydrotechniką, przedstawianie Bydgoszczy widzianej z perspektywy wody, oraz roli Bydgoskiego Węzła Wodnego w Polsce i w Europie, upowszechnianie tradycji handlu i żeglugi bydgoskiej, popularyzacja plant nad Starym Kanałem Bydgoskim.
Ekspozycja Muzeum eksponuje zdjęcia i eksponaty przedstawiające Kanał Bydgoski, pracę, żeglugę oraz życie codzienne toczące się nad kanałem. Ekspozycja zawiera między innymi wystawę pt. „Kanał Bydgoski”, kopię obrazu Christiana Rode pt.