W 1998 r. Rada Miasta Bydgoszczy podjęła decyzję o przekazaniu na potrzeby muzeum willi przy ul. Berwińskiego 4, zaś w 23 czerwca tego roku zainaugurowano działalność placówki. Pierwszym dyrektorem został prof. dr hab. Adam Sudoł. Minister spraw zagranicznych RP objął działalność muzeum honorowym patronatem i poinformował o nim wszystkie polskie ambasady i placówki konsularne. Zaczęły napływać kolejne dary od Polaków osiadłych w różnych krajach. 2 czerwca 1999 r., po ukończeniu koniecznych prac remontowych, dokonano uroczystego otwarcia stałej siedziby Muzeum Dyplomacji i Uchodźstwa Polskiego.
Muzeum stanowi samodzielną placówkę badawczą przy Wydziale Historycznym Uniwersytetu Kazimierza Wielkiego w Bydgoszczy służącą mieszkańcom Bydgoszczy, regionu i kraju oraz Polonii na całym świecie.