Przybyłe na miejsce Ju-52 eskortowane były przez towarzyszące im Bf 109, jednak wobec braku przeciwnika w powietrzu również piloci Messerschmittów rozpoczęli ostrzał ludność na ziemi z broni maszynowej. O ostrzeliwaniu na ziemi ludności cywilnej przez nisko lecące samoloty myśliwskie wspominają również inne źródła. Z kolei inne źródła zaprzeczają aby tego typu ataki miały miejsce.
Decyzję o bombardowaniu podjęli dowódcy Legionu Condor, Hugo Sperrle i Wolfram von Richthofen w porozumieniu z gen. Emilio Molą. Dzień po bombardowaniu, 27 kwietnia Richthofen zanotował w swym dzienniku: „Guernika płonie”, z kolei dzień później, napisał, że „miasto musi być zniszczone całkowicie”.
Konsekwencje Nigdy nie ogłoszono oficjalnej liczby zabitych. Tuż po nalocie korespondent brytyjskiego dziennika „The Times”, George Steer napisał artykuł, w którym zawarł informację o tym, iż niemieckie samoloty z rozmysłem zaatakowały bezbronne miasto, podał też liczbę ofiar – 1664 osoby. Władze Republiki podawały liczbę 3000 ofiar. Zachowane dokumenty ze szpitali mówią o 120 zabitych i 30 rannych w dniach 26–29 kwietniaBarton S., Historia Hiszpanii, tłum. Agnieszka Mścichowska i Marcin Mścichowski, Książka i Wiedza, Warszawa 2011, s. 281.. Liczba ofiar śmiertelnych, szacowana jest na od 100 do 1654/1687 a rannych na ponad 800.