Bitwa pod Lepanto Ali Pasza był naczelnym wodzem wszystkich morskich sił osmańskich w bitwie pod Lepanto 7 października 1571. Sułtan Selim powierzył mu jedną z największych świętości imperium osmańskiego, "Wielki Sztandar Kalifów", znacznych rozmiarów zieloną flagę z wyszytymi złotem wersetami z Koranu i z powtórzonym 28 900 razy imieniem Allaha. Sztandar Kalifów miał być bodźcem dla Alego i jego ludzi w walce z niewiernymi.
Podobnie jak jego główny przeciwnik Don Juan de Austria, był raczej dowódcą lądowym niż morskim, co spowodowało, że nie potrafił utrzymać swych okrętów w linii rzucając je do niemal kawaleryjskich szarż. To pozwoliło okrętom chrześcijan dokonywać głębokie wyłomy w osmańskich liniach i następnie niszczyć odizolowane od innych galery. Ponadto zamiast dowodzić całą flotą szukał rozwiązania w starciu ze swym głównym rywalem. Jego okręt flagowy, galera "Sultana", starł się z flagową galerą Don Juan "La Real". Okręty zwarły się ze sobą i doszło do krwawej walki wręcz. Po godzinie, w którym to czasie galery z obu stron dostarczały posiłki, galera "Sultana" została zdobyta. Ali Pasza otrzymał postrzał w głowęWedług innej wersji popełnił samobójstwo: Ryniewicz, s. 326, a gdy upadł na pokład, rozwścieczeni żołnierze hiszpańscy obcięli mu głowę i zatknęli ją na pice.