Po upadku Związku Radzieckiego w 1991 i ogłoszeniu przez Kirgistan niepodległości rozpoczęto okres całkowitego wyjścia Kościoła katolickiego z podziemia. W 1991 biszkecką parafię podporządkowano administraturze apostolskiej w Karagandzie. 22 grudnia 1997 papież Jan Paweł II utworzył dla Kirgistanu – Misję „sui iuris”, którą bezpośrednio podporządkował Stolicy Apostolskiej. Jego następca – Benedykt XVI, podniósł Misję 18 marca 2006 do rangi Administratury apostolskiej.
W lipcu 2017 roku został czasowo zamknięty kościół parafialny św. Mikołaja w Tałasie. Było to spowodowane nękaniem lokalnej wspólnoty przez oficerów Agencji Bezpieczeństwa Narodowego. Obecnie nabożeństwa są sprawowane w zwyczajowym porządku.
Administratorzy apostolscy Lata urzędowaniaBiskup/KsiądzUwagi1997–2006o. Aleksandr Kan SJsuperior misji „sui iuris”2006–2016Nikolaus Messmer SJadministrator apostolski, od 2006 senior administratury2016–2017o. Janez Mihelčič SJadministrator apostolski, od 2017 senior administraturyod 2017o. Anthony Corcoran SJadministrator apostolski