Najazd mongolski w 1241 roku spowodował poważne zniszczenia. Zniszczone zostały gród komitacki oraz klasztor Kolozsmonostor (Cluj-Mănăștur), a źródła informują o znacznych stratach ludności. Po najeździe nastąpiła reorganizacja osadnictwa. W drugiej połowie XIII wieku do osady napływali posiadający szczególne przywileje hospites. W historiografii byli oni często utożsamiani z kolonistami niemieckimi – Sasami siedmiogrodzkimi. Król węgierski Stefan V zachęcił ich do osiedlania się w pobliżu miasta w 1272 r. Ich osiedle otrzymało niemiecką nazwę Klausenburg, od starego słowa Klause oznaczającego przejście przez góry.
Nadanie praw miejskich Przełomowym wydarzeniem w dziejach Klużu było wystawienie 19 sierpnia 1316 roku przez węgierskiego króla Karola Roberta Andegaweńskiego przywileju dla mieszkańców. Dokument zapewniał szereg swobód, m.in. możliwość wyboru własnych władz oraz proboszcza i przywileje gospodarcze, tworząc podstawy szerokiej autonomii miejskiej. Przywilej ten jest uznawany za właściwy początek rozwoju Klużu jako miasta królewskiego. Prawdopodobnie po nadaniu przywileju z 1316 roku miasto otoczono pierwszym murowanym obwodem obronnym. Fortyfikacje obejmowały stosunkowo niewielki obszar później nazywany Óvár („Starym Miastem” lub „Starym Grodem”).