Duszpasterze Pierwszym proboszczem został ks. Jakub Dąbrowski, który pełnił tę funkcję do śmierci podczas bombardowania kościoła. Z parafią oprócz księży parafialnych na początku XXI w. związani byli rezydenci pełniący funkcje przy kurii metropolitalnej lub episkopacie, m.in. Zygfryd Landowski, Andrzej Łaguna, Władysław Jabłoński, ks. prof. dr hab. Franciszek Longchamps de Bérier, Roman Trzciński, Tadeusz Bożełko. Na terenie parafii mieszka również ks. prof. Waldemar Chrostowski.
Z parafią św. Jakuba i kościołem wiąże się postać św. Faustyny, która postanowiwszy wstąpić do zakonu, przyjechała do Warszawy i trafiła do pierwszego zauważonego z dworca kościoła. Był to kościół Niepokalanego Poczęcia, a księdzem, który według jej wizji miał ją pokierować dalej był proboszcz parafii, Jakub Dąbrowski. Wydarzenie to jest upamiętnione tablicą wiszącą w kościele.
Działalność parafii