Działalność misji uległa zahamowaniu po 1910, kiedy Korea została anektowana do Cesarstwa Japonii, a w całym kraju miała miejsce fala ataków na chrześcijan. Mimo wyświęcenia w 1912 pierwszego konwertyty koreańskiego na diakona, misja nie zdołała już zdobyć silnej pozycji w społeczeństwie – o wiele większe sukcesy odnosiły misje katolicka i protestancka. Po rewolucji październikowej misja w Korei nie otrzymywała już żadnego wsparcia finansowego ze strony władz Rosji, które to subwencje stanowiły dotąd podstawę jej działania. W związku z tym w 1921 Rosyjski Kościół Prawosławny ogłosił zakończenie pracy misyjnej w Korei.
Po 1945 Parafia św. Mikołaja w Seulu, do której należeli zarówno nieliczni Rosjanie, jak i Koreańczycy, zdołała przetrwać jako jedyna prawosławna parafia w Korei. Jej cerkiew przetrwała II wojnę światową, została zdewastowana dopiero w czasie wojny koreańskiej. Świątynię odbudowano w stylu greckim z inicjatywy greckich, prawosławnych żołnierzy sił ONZ, które stacjonowały w Seulu razem ze swoim kapelanem, ks. Andreasem Halkiopoulosem. On również doprowadził do przyjęcia parafii w jurysdykcję Patriarchatu Konstantynopolitańskiego.