Operacja Północ rozpoczęła się o godzinie 4 nad ranem w nocy w niedzielę 1 kwietnia 1951, a trwała około miesiąca. Deportowani zostali sklasyfikowani jako osadnicy specjalni. W środku nocy do domów Świadków Jehowy wpadało przeciętnie po 4 żołnierzy i 4 urzędników. Budzili mieszkańców i pokazywali im nakaz deportacji. Zaraz po wtargnięciu do domów Świadkowie Jehowy byli informowani o możliwości uniknięcia zsyłki, jeśli zgodzą się podpisać przygotowane oświadczenie, iż wyrzekają się swych przekonań religijnych, uważają je za błędne i są gotowi do dalszej współpracy z władzami. Jednak Świadkowie Jehowy na to nie przystawali. Dawano im zaledwie od pół godziny do 2 godzin na spakowanie, po czym transportowano ich do pociągów. Wykorzystywano do tego ciężarówki i wozy konne. Na przykład w Mołdawskiej SRR przydzielono 415 pojazdów. Ze względu na tajemnicę, ciężarówki zostały rzekomo przydzielone do prac rolniczych, a przedział oddziałów wojskowych rzekomo na budowę państwowych linii komunikacyjnych. W Ukraińskiej SRR do operacji przeznaczono 2640 pojazdów i wzięło w niej udział około 20 tysięcy żołnierzy. Transport konny, czyli furmanki, miał być stosowany, jeśli dojazd ze wsi do stacji nie przekraczał 15 kilometrów, jednak w czasie wiosennych roztopów drogi nie nadawały się do takiej jazdy.