Główne rzeki kraju to: na Półwyspie Malajskim – Sungai Pahang (434 km długości), uchodząca do Morza Południowochińskiego i Sungai Perak uchodząca do cieśniny Malakka, a na Borneo – Batang Rajang (563 km).
Wody rzek zasilane są przez obfite opady, które często powodują powodzie, szczególnie na terenach przekształconych przez górnictwo i rolnictwo.
Gleby W Malezji występują głównie gleby tropikalne, cechujące się niską ilością składników odżywczych i małą zawartością próchnicy – czerwonoziemy i lateryty. Wzdłuż wybrzeży występują gleby aluwialne i torfowe.
Flora i fauna Flora Malezji wyróżnia się szczególnie bogatą bioróżnorodnością. Występuje tu kilka tysięcy gatunków roślin – na jednym akrze lasu odnotowano 100 różnych gatunków drzew. Świat zwierząt jest też bardzo zróżnicowany.
Flora Wiecznie zielone lasy tropikalne zajmują ponad 50% powierzchni kraju – dwie piąte obszaru Malezji Zachodniej i dwie trzecie Malezji Wschodniej. Wyższe partie porasta las mglisty. W lasach występuje ok. 3 tys. gatunków drzew. Głównym ich zagrożeniem jest masowy wyrąb, głównie pod tereny uprawne – jeszcze pod koniec lat 60. XX w. lasy zajmowały prawie 70% powierzchni kraju. Na terenach nadbrzeżnych pospolitym typem lasów są namorzyny.