W związku z brakiem decyzji co do przynależności prowincji, teoretycznie rządziło nią austro-węgierskie ministerstwo spraw zagranicznych, a po kilku miesiącach ministerstwo finansów. Praktycznie do 1882 władzę sprawował dowódca wojsk okupacyjnych. Po wybuchu w 1882 powstania w Hercegowinie, związanego z poborem do wojska austriackiego, ustanowiono cywilnego namiestnika Bośni, którym do 1905 był Beniamin Kallay. Władze austro-węgierskie nie przeprowadziły w prowincji żadnych reform, panował tam nadal turecki system feudalny. Jednak ze względów strategicznych zbudowano linie kolejowe (około 1600 km) i drogi. Nastąpił również rozwój przemysłu, głównie drzewnego, tekstylnego i tytoniowego.
Taki stan trwał do jesieni 1908, kiedy to w odpowiedzi na rewolucję młodoturecką Austro-Węgry anektowały Bośnię i Hercegowinę tworząc tym samym Kondominium Bośni i Hercegowiny. Manifest cesarski do ludności o włączeniu do Austro-Węgier został ogłoszony 6/7 października. Aneksja, obalając postanowienia traktatu berlińskiego, wywołała kryzys, nazywany kryzysem bośniackim.