Część mongolsko-ałtajska została sfałdowana w orogenezie hercyńskiej i zawiera liczne zapadliska, wypełnione osadami z różnych epok geologicznych, najmłodsze pochodzą z czwartorzędu. Większość terytorium Mongolii to tereny aktywne sejsmicznie, jednakże z powodu małej gęstości zaludnienia i słabego poziomu urbanizacji (brak wysokich budynków), występujące tam trzęsienia ziemi są niegroźne i niosą za sobą niewiele ofiar, w przeciwieństwie do sąsiednich Chin.
Mongolia jest krajem górzysto-wyżynnym, gdzie ponad 80% jej powierzchni to tereny leżące powyżej 1000 m n.p.m. Prawie całe terytorium Mongolii leży na obszarze Wyżyny Mongolskiej, wyjątek stanowią wschodnie krańce kraju. Obszary górskie leżą w układzie równoleżnikowym. System górski północnej części Mongolii obejmuje masyw wulkaniczny Dariganga, którego najwyższy szczyt Szilijn Bogd uul wznosi się na 1752 m n.p.m. Kolejnym masywem są góry Chentej, leżące w okolicach Ułan Bator – stolicy kraju, szczyt tychże gór – Dzałunzud wznosi się na 2800 m n.p.m. W północnej części kraju, na granicy z Rosją, leży także południowy fragment Sajanów Wschodnich. Najwyższym szczytem tych gór w części mongolskiej jest Munku Sardyk, mający wysokość 3491 m n.p.m. Innym masywem są Góry Chubsugulskie, których najwyższy szczyt – Ałchyn-godzgar mierzy 3189 m n.p.m.