mały|Grób Edwarda Janiaka na cmentarzu św. Wawrzyńca we Wrocławiu 25 czerwca 2020 papież Franciszek mianował administratorem apostolskim sede plena diecezji kaliskiej Grzegorza Rysia, arcybiskupa metropolitę łódzkiego. Edward Janiak pozostał nominalnie biskupem diecezjalnym, ale utracił władzę nad diecezją, polecono mu także opuszczenie jej na czas dochodzenia prowadzonego przez Stolicę Apostolską i niewpływanie na zarządzanie nią przez administratora apostolskiego. 17 października 2020 papież Franciszek przyjął jego rezygnację z funkcji biskupa diecezjalnego kaliskiego, a arcybiskupa Grzegorza Rysia ustanowił administratorem apostolskim sede vacante. Tego samego dnia Nuncjatura Apostolska poinformowała również o czasowym zamknięciu, w następstwie przeprowadzonej wizytacji apostolskiej, seminarium duchownego w Kaliszu.
W komunikacie wydanym w marcu 2021 Nuncjatura Apostolska w Polsce poinformowała, że po przeprowadzeniu dochodzenia dotyczącego zgłoszonych zaniedbań hierarchy i innych kwestii związanych z zarządzaniem przez niego diecezją kaliską Stolica Apostolska nakazała mu zamieszkanie poza diecezją, zakazała uczestniczenia w publicznych celebracjach i spotkaniach na jej terenie, a także zobowiązała go do dokonania wpłaty na rzecz Fundacji św.