W 1920 roku został wykładowcą w Centralnej Szkole Zbrojmistrzów, która mieściła się w Cytadeli Warszawskiej. 3 maja 1922 roku zweryfikowany został w stopniu porucznika ze starszeństwem z dniem 1 czerwca 1919 roku w korpusie oficerów uzbrojenia. Od 1921 roku był członkiem Komunistycznej Partii Robotniczej Polski w wojsku i członkiem Centralnego Wydziału Wojskowego.
2 sierpnia 1923 roku został aresztowany wraz z nieznanym mu osobiście Antonim Wieczorkiewiczem, podporucznikiem rezerwy powołanym do służby czynnej i przydzielonym do Ekspozytury Oddziału II Sztabu Generalnego w Krakowie, i oskarżony o działalność komunistyczną oraz współorganizację zamachów bombowych, których dokonano w kwietniu i maju tego samego roku w Warszawie i Krakowie. Podczas śledztwa do oskarżenia dodano również pomoc w zorganizowaniu wysadzenia w dniu 13 października 1923 składu prochu w Cytadeli Warszawskiej, które nastąpiło w momencie gdy Bagiński i Wieczorkiewicz siedzieli od ponad dwóch miesięcy w więzieniu – zginęło wówczas 25 (lub 28) żołnierzy.