Zlewnia, licząca 1120 km² powierzchni, jest największym w Europie Środkowej obszarem bezodpływowym.
Jezioro dzieli się na trzy części: północną zwaną Zatoką Nezyderską (Neusiedler Bucht), węższą środkową Illmitzer Seeenge i południową Silbersee, najbardziej porośniętą trzciną.
Trzcinowiska Brzegi jeziora są porośnięte trzciną pospolitą, która w XX w. zaczęła się niezwykle szybko rozprzestrzeniać. Według mapy i opisu z 1821 r. jezioro było prawie zupełnie pozbawione trzciny. Inwazja tej rośliny postępuje przede wszystkim od zachodu. Na początku lat 70. XX w. sięgała ona tu ok. 5 km w głąb jeziora. Jak wówczas obliczono, przy zachowaniu tempa inwazji, jezioro zarosłoby całkowicie ok. 2110 r. Pas trzcin wzdłuż wschodniego wybrzeża jest znacznie węższy: jego nadmiernemu rozwojowi przeszkadzają zwały kry lodowej, spychane tu przez wiosenne wiatry, wiejące zwykle od zachodu. Obecnie pas trzcin koło wsi Donnerskirchen osiąga 8 km szerokości. Jedyny pas wybrzeża nie porośnięty trzciną, długości 2 km, znajduje się w Podersdorf. Latem zdarzają się gwałtowne, rozległe pożary trzciny.