W 1918 roku w pociągu Kolei Transsyberyjskiej Julian Krzyżanowski ożenił się z Emilią Roszkowską, z domu Sobieszczańska. W Gimnazjum Wacławy Arciszowej w Lublinie poznał swoją drugą żonę Irenę Strzembosz, z domu Kurowska. Po uzyskaniu rozwodu Julian Krzyżanowski ożenił się z nią w 1934 roku. 28 września 1948 roku zawarł kolejny związek małżeński – z Zofią Świdwińską.
Krzyżanowski miał troje dzieci: z małżeństwa z Emilią pochodzili – syn Jerzy Roman (1922–2017), profesor slawistyki i córka Teresa (ur. 1928), doktor nauk medycznych, późniejsze nazwiska Rogozińska i Dziedzińska, natomiast z małżeństwa z Zofią – syn Julian (ur. 1950), profesor SGGW.
Zamieszkiwał przy ulicy Wilczej 13/23 w Warszawie.
Publikacje
Ordery i odznaczenia Order Sztandaru Pracy I klasy (25 kwietnia 1956) „za zasługi położone przy sporządzeniu Wydania Narodowego dzieł Adama Mickiewicza”. Krzyż Komandorski Orderu Odrodzenia Polski (1974) Złoty Wawrzyn Akademicki (5 listopada 1938) „za wybitną twórczość krytyczno-literacką, naukową i publicystyczną w dziedzinie literatury pięknej”. Srebrny Wawrzyn Akademicki (5 listopada 1935) „za szerzenie zamiłowania do literatury ojczystej wśród emigracji”. Medal 10-lecia Polski Ludowej (14 stycznia 1955) - Uchwała Rady Państwa nr 0/126 - na wniosek Prezesa Polskiej Akademii Nauk. Order Trzech Gwiazd (Łotwa,