Śledztwa odbywały się w gabinetach gestapo na górnych piętrach lub obok cel, w pokoju dyżurującego funkcjonariusza. W czasie przesłuchań więźniów torturowano i bito, a wielu z nich zamęczono na śmierć. Kilku z więźniów powiodły się próby ucieczki, część z nich została odbita przez oddziały podziemia podczas przewożenia w transportach pomiędzy niemieckimi więzieniami. W 1943 roku umocniono budynek i otaczające go ulice. Okna od strony frontu zasłoniono ceglanymi murami.
1 sierpnia 1944 r. budynek, i całą dzielnicę policyjną, zaatakowały nieskutecznie oddziały VII Zgrupowania AK "Ruczaj" i 1 Dywizjonu Pułku Ułanów Lubelskich AK "Jeleń". W późniejszych dniach powstania warszawskiego gmach na Szucha pełnił funkcję punktu rozdzielczego dla ludności z południowych dzielnic Warszawy zajętych przez Niemców. Przywożonych ludzi stłaczano w celach, sąsiadujących korytarzach i na podwórzach. Kilka tysięcy z nich zamordowano w ruinach gmachu Generalnego Inspektoratu Sił Zbrojnych, na okolicznych podwórkach i skwerach. Na początku września 1944 roku większość funkcjonariuszy Urzędu Komendanta Policji Bezpieczeństwa i Służby Bezpieczeństwa wraz z komendantem ewakuowało się do Sochaczewa.