Określenie używane wobec okrojonego po II pokoju toruńskim państwa zakonu krzyżackiego ze stolicą w Królewcu. Nazwa powstała w opozycji do tzw. Prus Królewskich – tj. Pomorza Gdańskiego, Ziemi Chełmińskiej i Warmii – inkorporowanych do Królestwa Polskiego.
Prusy Książęce
W 1525 ostatni wielki mistrz Albrecht Hohenzollern przeszedł na luteranizm, dokonał sekularyzacji państwa zakonnego i złożył hołd królowi Zygmuntowi Staremu. Choć nowe państwo nosiło nazwę Księstwo Pruskie, często określane jest jako Prusy Książęce.
Brandenburgia-Prusy
W 1618 r., wobec wygaśnięcia pruskiej linii Hohenzollernów po śmierci Albrechta Fryderyka, za zgodą króla Zygmunta III Wazy elektor brandenburski Jan Zygmunt Hohenzollern przejął Księstwo Pruskie, które tym samym znalazło się w unii personalnej z Brandenburgią.
thumb|upright=1.3|Prusy za czasów Fryderyka II Wielkiego Twórcą nowoczesnego państwa pruskiego był Fryderyk Wilhelm, zwany Wielkim Elektorem, który w wyniku pokoju westfalskiego w 1648 uzyskał wschodnią część Pomorza Zachodniego, Magdeburg, Halberstadt, Minden i Kamień.