Po kapitulacji stolicy udało mu się uniknąć niewoli. Pozostał w okupowanej Warszawie, gdzie już w październiku 1939 został jednym z założycieli konspiracyjnej organizacji Związek Czynu Zbrojnego. W marcu 1940 organizacja przyłączyła się do Polskiej Organizacji Zbrojnej, a wraz z całą organizacją weszła do Związku Walki Zbrojnej. Równolegle Stykowski nadal pracował w Izbie Rzemieślniczej i Przemysłowym Związku Wytwórców i Sprzedawców Obuwia.
Był dowódcą 2. Rejonu III Obwodu Wola Armii Krajowej. W powstaniu warszawskim początkowo dowodził obroną 2. Rejonu na warszawskiej Woli. Po wycofaniu się powstańców z Woli i ciężkim ranieniu dowódcy obwodu, mjr. Jana Tarnowskiego, 9 sierpnia 1944 Wacław Stykowski został jego następcą. Dowodził zgrupowaniem oddziałów III Obwodu, którym udało się wycofać do Śródmieścia.