Główną rzeką kraju, a zarazem osią hydrograficzną kraju jest Indus, którego długość wynosi 3180 km. Indus wypływa z Wyżyny Tybetańskie i płynie mniej więcej na południe przez cały kraj. Przy ujściu tworzy, wielką deltę o powierzchni około 8000 km². Głównymi dopływami Indusu są Satledź, Dźhelam, Ćenab i Rawi. Rzeki te biorą swój początek w Himalajach i tworzą wraz z Indusem ogromny stożek napływowy tak zwane Pięciorzecze, czyli Pendżab. Na Indusie i Dźhelam zbudowano liczne zbiorniki wodne. Największym z nich jest Tarbela o pojemności 17 km³. Największym prawobrzeżnym dopływem Indusu jest spływająca z Afganistanu rzeka Kabul. Z Gór Sulejmańskich do Indusu spływają Kurram, Gumal i Sangar. Dopływy dolnego Indusu to rzeki krótkie i okresowe.
Bezpośrednio do Morza Arabskiego uchodzi kilka rzek, które odwadniają południowy Beludżystan. Największymi z tych rzek są Daszt Kaur i Hingol. Pozostałą część Beludżystanu to obszary bezodpływowe na którym okresowe rzeki wpadają do okresowych słonych jezior i solnisk. Poza rzekami i zbiornikami wodnymi w Pakistanie istnieją także lodowce, które powstały dzięki sprzyjającym warunkom klimatycznym. Lodowce występują głównie w Karakorum, największym z nich jest Sjaczen o długości 75 km.