Utwardzono plac postojowy, wybudowano magazyny oraz stację paliw.
31 grudnia 1991 roku likwidacji zostało poddane PKMUchwała Nr XXI/137/91 Rady Miejskiej w Ostródzie w sprawie nadania Przedsiębiorstwu Komunikacji Miejskiej w Ostródzie nowej formy organizacyjno-prawnej. w Ostródzie, w którego miejsce utworzono miejski zakład budżetowy pod nazwą „Zakład Komunikacji Miejskiej w Ostródzie” z siedzibą w Ostródzie, który przejął wszelkie aktywa i pasywa likwidowanego przedsiębiorstwa.
W roku 1999 ZKM zakupił nowy autobus Jelcz 120M. Kolejnym nowym autobusem klasy mini była kupiona w 2002 roku Kapena Thesi City. Począwszy od 2004 roku zakład zezłomował stare Jelcze PR110, zastępując je młodszymi autobusami marek MAN i Neoplan. Pojazdy marki Jelcz zostały całkowicie zezłomowane.
We wrześniu 2006 w wypadku samochodowym zginął wieloletni dyrektor ZKM Waldemar Nalewajko.
Z dniem 1 stycznia 2011 roku na bazie zlikwidowanego w celu przekształcenia Zakładu Komunikacji Miejskiej powstała Żegluga Ostródzko – Elbląska Sp.