Wcześniej w 1943 Instytut przyznał Heisenbergowi Nagrodę Kopernika, którą fizyk uznał za przejaw rehabilitacji fizyki teoretycznej w III Rzeszy.
Lata powojenne Po II wojnie światowej Heisenberg był przetrzymywany 6 miesięcy w Wielkiej Brytanii. Po uwolnieniu w 1946 wrócił do Niemiec, gdzie zajął się odtwarzaniem Kaiser-Wilhelm-Institut für Physik (późniejszy Instytut Maxa Plancka – niem. Max-Planck-Institut für Physik). Był jednym z założycieli CERN. Przeszedł na emeryturę w 1970.
W 1973 otrzymał , przyznawaną przez , za interpretacje czasu i świata zgodne z duchem nagrody. Odbierając wyróżnienie, wygłosił wykład zatytułowany Prawda naukowa i religijna, w którym przekonywał o społecznej funkcji religii jako etycznej i duchowej przeciwwagi dla materialistycznie usposobionej nauki.
Zmarł w 1976 i został pochowany na Cmentarzu Leśnym w Monachium.
Życie prywatne Jego ojciec August był historykiem, bizantologiem, zaś brat Erwin – chemikiemCassidy, David C. (1992). Uncertainty: The Life and Science of Werner Heisenberg.. W 1937 poślubił Elisabeth Schumacher, z którą miał siedmioro dzieci. Syn Jochen (ur. 1939) jest fizykiem jądrowym, Martin (ur. 1940) – neurobiologiem i genetykiem. Wnuk Benjamin (ur. 1974) jest reżyserem filmowym.