W latach 1957–1958 uczeni podjęli próbę odtworzenia PAU, na co władze odpowiedziały powołaniem w Krakowie oddziału PAN. Odbudowę PAU umożliwiła dopiero zmiana ustroju w 1989. Odtworzyła ją grupa członków na podstawie dawnego statutu, z zachowaniem ciągłości organizacyjnej i odwołując się do tradycyjnych form działania.
Prezesi i sekretarze generalni Akademii Prezesi Józef Majer (1872–1890) Stanisław Tarnowski (1890–1917) Kazimierz Morawski (1918–1925)
Sekretarze generalni Józef Szujski (1872–1883) Stanisław Tarnowski (1883–1890) Stanisław Smolka (1890–1903) Bolesław Ulanowski (1903–1919)
Członkowie Akademii
Członkami AU byli, między innymi: Jan Niecisław Baudouin de Courtenay, Aleksander Brückner, Benedykt Dybowski, Wojciech Dzieduszycki, Aleksander Fredro, Jan Aleksander Karłowicz, Tadeusz Korzon, Fryderyk Papée, Lucjan Rydel, Stanisław Smolka, Tadeusz Stryjeński, Władysław Ignacy Wisłocki, Tadeusz Wojciechowski, Wincenty Zakrzewski, Wawrzyniec Żmurko.
Bibliografia J. Bieniarzówna, J.M. Małecki – „Dzieje Krakowa.