W 1946 biskup wileński i litewski Korneliusz (Popow) wyznaczył na nowego proboszcza parafii w Lebeniszkach ks. Nikołaja Krukowskiego i polecił mu przeprowadzenie procesu rejestracji placówki u władz stalinowskich. W 1947 został on pomyślnie sfinalizowany. Parafia w Lebeniszkach posiadała cerkiew we wsi, cerkiew pomocniczą w Birżach (gdzie stale żyło 12 osób wyznania prawosławnego) oraz dom parafialny. Na początku lat 50. wspólnotę tworzyło 130 wiernych narodowości rosyjskiej. Była ona jednak niezwykle uboga i wielokrotnie zwracała się do rady eparchii z prośbą o pomoc w utrzymaniu posiadanych budynków sakralnych. W 1948 władze zarekwirowały cerkiew św. Michała Archanioła w Birżach i zaadaptowały ją na magazyn.
Po śmierci ks. Krukowskiego 30 grudnia 1954 przez trzy lata parafia nie posiadała proboszcza. Pod pismem z prośbą o wyznaczenie nowego kapłana podpisało się 50 osób. W 1957 do Lebeniszek przybył hieromnich z monasteru Świętego Ducha w Wilnie Przedysław (Kamieniak), który przez pół roku odprawiał dwie Święte Liturgie w miesiącu. Następnie jego obowiązki przejął ks. Fiodor Rakiecki z parafii św. Aleksandra Newskiego w Rakiszkach. Od lat 60.