uznano go za antysemitę, podejrzany był także jego homoseksualizm. 18 maja 1952 roku został zatrzymany i ponownie zamknięty w szpitalu psychiatrycznym w Dziekance. Niektórzy członkowie poznańskiego ZLP rozpoczęli starania o jego ubezwłasnowolnienie, jednak w kwietniu 1953 Bąk, na podstawie orzeczenia komisji lekarskiej, został wypuszczony ze szpitala. W maju 1953 roku został usunięty ze związku (przywrócono mu członkostwo po październiku 1956, jednak wówczas sam z niego zrezygnował).

W 1956 wydawnictwo Pallotinum opublikowało jego tom poezji Modlitewnik, następne tomiki wydawał m.in. PAX. Jednak prześladowania i inwigilacja Bąka trwały nadal (w 1960 roku był więziony), a sam poeta odizolował się od otoczenia.

Tworzący jako pisarz katolicki, po kilkuletnim przygotowaniu pod koniec życia stał się członkiem parafii ewangelicko-augsburskiej w Poznaniu.

Zmarł 30 kwietnia 1961 roku w niejasnych okolicznościach. Mimo konwersji, został pochowany na cmentarzu przy ul. Lutyckiej, od 1982 roku jego prochy spoczywają na cmentarzu Powązkowskim w Warszawie (kwatera 229-3-14).

W 2016 roku poeta i redaktor naczelny Zeszytów Poetyckich, Dawid Jung, apelował o uhonorowanie pośmiertne Wojciecha Bąka.

Obecnie przyznawana jest Nagroda Poetycka im.