Sezon 2006 thumb|upright|250px|Nadal i Federer podczas finału Wimbledonu, 2006 Z powodu kontuzji stopy, która wykluczyła go także z udziału w kończącym poprzedni sezon Masters Cup, Nadal nie wystąpił w Australian Open. W pierwszym starcie po powrocie, w halowym turnieju w Marsylii, dotarł do półfinału. Dwa tygodnie później zwyciężył w turnieju w Dubaju, gdzie pokonał w finale Federera 2:6, 6:4, 6:4. Była to pierwsza porażka Szwajcara w sezonie, a oprócz Nadala w 2006 roku Federera pokonał tylko Andy Murray. Na zakończenie wiosennego cyklu imprez na kortach twardych Hiszpan dotarł do półfinału imprezy w Indian Wells, gdzie przegrał z Jamesem Blakiem, oraz do drugiej rundy turnieju w Miami.