Geneza i morfologia Jaskinia Hruszowska jest jaskinią typu fluwiokrasowego. Powstała w pochodzących ze środkowego triasu jasnych wapieniach tzw. wettersteinskich płaszczowiny silickiej na skutek erozyjno-korozyjnej działalności podziemnego toku wodnego. Tworzą ją w większości korytarze modelowane płynącą wodą, które miejscami rozszerzają się w mniejsze komory lub większe sale pochodzenia zawaliskowego, których wysokość sięga nawet 15 m. Liczne są również wysokie kominy. Rozwinięta w trzech poziomach rozwojowych, ma łączną długość korytarzy 1118 m. Jest odwadniana głównie przez znane wywierzysko Eveteš.
Bogatą wyzdobę jaskini reprezentują stalaktyty, stalagmity, draperie i inne formy naciekowe, w tym pizolity i heliktyty. Godne uwagi są zwłaszcza asymetryczne, wielkokrystaliczne formacje kalcytowe. Na przepływającym przez jaskinię potoku wytworzyły się wodospady i ciągi kaskad.
Fauna jaskiniowa W jaskini do początków XXI w. stwierdzono 4 gatunki zimujących nietoperzy, z których najliczniejsze są podkowiec duży (Rhinolophus ferrumequinum) i podkowiec śródziemnomorski (Rhinolophus euryale). Znaleziono tu również rzadką endemiczną formę chrząszcza (Duvalius bokori gellidus), znaną jedynie z Płaskowyżu Silickiego w Krasie Słowacko-Węgierskim.