J. Gash, Caravaggio, London 2004, s. 8 i nn., 178–188.. Dotyczyło to między innymi obrazu Święty Mateusz i anioł, który przedstawiał świętego jako łysego chłopa o brudnych nogach w towarzystwie skąpo odzianego chłopca-anioła. Pierwsza wersja dzieła została odrzucona i musiała być przemalowana, w miejsce jej powstał obraz Inspiracja świętego Mateusza. Podobny los spotkał dzieło Nawrócenie świętego Pawła. Inna wersja tego samego motywu, Nawrócenie w drodze do Damaszku, została zaakceptowana. Na odrzuconym dziele koński zad przykuwał uwagę bardziej niż sam święty, co sprowokowało następującą wymianę zdań między artystą a zleceniodawcą z Santa Maria del Popolo:
thumb|200px|Śmierć Marii (fragment) (1601–1606). Olej na płótnie, 396×245cm. Luwr, Paryż
W okresie rzymskim Caravaggio namalował także takie obrazy jak: Złożenie do grobu, Madonna pielgrzymów, znany również pod nazwą Madonna di Loreto, Madonna i dzieciątko ze świętą Anną oraz Śmierć Marii. Historia ostatnich dwóch dzieł dobrze oddaje przyjęcie, jakie spotykało dzieła Caravaggia w jego czasach. Obraz Madonna i dzieciątko ze świętą Anną, namalowany do małego ołtarza w bazylice św. Piotra pozostał tam tylko przez dwa dni, po czym został zdjęty.