W okresie jego prezydentury doszło do ostatecznego rozpadu Serbii i Czarnogóry (2006) oraz proklamowania niepodległości przez Kosowo (2008). W 2009 uzyskał międzynarodowy rozgłos medialny, kiedy to został ukarany grzywną za spożywanie alkoholu w miejscu publicznym przy okazji świętowania sukcesu piłkarskiej reprezentacji Serbii. W 2010 przyjechał do Vukovaru, gdzie w 1991 serbskie bojówki po zajęciu miasta wymordowały ponad 250 chorwackich pacjentów szpitala. W czasie wizyty publicznie przeprosił w imieniu państwa serbskiego za tę zbrodnię.
4 kwietnia 2012 ogłosił swoją rezygnację ze stanowiska i złożenie urzędu prezydenta ze skutkiem na następny dzień. Nastąpiło to na dziesięć miesięcy przed końcem swej drugiej kadencji, a decyzję tę motywował chęcią przeprowadzenia w maju 2012 jednoczesnych wyborów parlamentarnych i prezydenckich. Obowiązki prezydenta przejęła Slavica Đukić Dejanović, przewodnicząca Zgromadzenia Narodowego. Boris Tadić w wyborach prezydenckich ponownie ubiegał się o reelekcję. 20 maja 2012 w drugiej turze po raz trzeci zmierzył się z Tomislavem Nikoliciem, który w międzyczasie opuścił radykałów i powołał umiarkowaną Serbską Partię Postępową. Były prezydent przegrał wybory, otrzymując ponad 47% głosów.