Ostatecznie Iwonicz został własnością Jana Pobiedzińskiego - syna Wacława i Urszuli.
Wieś została lokowana na prawie magdeburskim w XV wieku.
W okresie I Rzeczypospolitej wieś należała do ziemi sanockiej, województwa ruskiego.
Właściciele Iwonicza W XVI w. właścicielami Iwonicza byli Bobolowie ze Strachociny. W roku 1520 Iwonicz stał się własnością Wiktoriana Sienieńskiego, który otrzymał przywileje od króla Zygmunta Starego (z lat 1520 - 1523) dotyczące iwonickich wód leczniczych.
Następnie Iwonicz otrzymał syn Zbigniew Sienieński, który stał się Socynianinem należącym do odłamu nowych arian. Zbigniew Sienieński wybudował sobie przy dworze zbór w roku 1550.
Gdy kolatorem był Albert Bobola, w roku 1624 w Oktawie Bożego Ciała, na Iwonicz (liczący wówczas 720 osób), napadli Tatarzy, którzy spalili całą wieś z dworem i plebanią, a ocalał tylko kościół, który doszczętnie obrabowano. W roku 1643 Iwonicz zmienił kolatorów, gdyż córka Alberta Boboli, Elżbieta Bobola wychodząc za mąż za kasztelana Stanisława Witowskiego, otrzymała miejscowość na wiano.