Założenie i początki klubu Wisła Kraków powstała w roku 1906 jako oficjalny klub sportowy będący kontynuatorem kółka sportowego II szkoły realnej w Krakowie założonego przez profesora Tadeusza Łopuszańskiego. Owo kółko zostało założone najprawdopodobniej na wiosnę 1906 roku, chociaż niektóre źródła mówią o wcześniejszym okresie, 1903-1905. Kółko zostało przekształcone w klub sportowy o nazwie Wisła najprawdopodobniej w lecie lub wczesną jesienią 1906 roku. Powyższe terminy ciężko określić co do dnia z powodu strat w dokumentacji klubowej w trakcie I i II wojny światowej.
Zmiana szkolnego kółka sportowego na oficjalny klub sportowy prawdopodobnie była związana z organizowanym w Krakowie w październiku 1906 roku Turniejem Jesiennym, który można uznać za pierwsze nieoficjalne Mistrzostwa Krakowa w piłkę nożną. Pierwszym prezesem nowopowstałego klubu został jego inicjator, czyli profesor Tadeusz Łopuszański. Nazwę dla klubu Wisła wymyślili uczniowie Łopuszańskiego w geście patriotyzmu jako nawiązanie do rzeki Wisły, która przepływała przez wszystkie trzy zabory okupowanej wówczas Polski. Pierwszym herbem klubu została natomiast czarna piłka przecięta na błękitno, co miało symbolizować ową rzekę z nazwy klubu.