Wkrótce ponownie wstąpił do pozaparlamentarnej wówczas KDNP, a w 2003 został prezesem tego ugrupowania. Doprowadził do koalicji chadeków z Fideszem (przy zachowaniu odrębności organizacyjnej) i ścisłej współpracy obu ugrupowań, trwającej od 2005. W 2006, 2010, 2014, 2018 i 2022 odnawiał mandat poselski na kolejne kadencje.
W drugim rządzie Viktora Orbána objął urząd wicepremiera i ministra bez teki. Pozostawał na tych stanowiskach również w tworzonych odpowiednio w 2014, 2018 i 2022 trzecim, czwartym oraz piątym gabinecie tego samego premiera. Powierzano mu odpowiedzialność m.in. za politykę narodową i sprawy kościelne.
W 2026 ponownie został wybrany na deputowanego. Wybory te zakończyły się porażką rządzącej koalicji. W kwietniu 2026 Zsolt Semjén ustąpił ze stanowiska przewodniczącego KDNP, jego dymisja nie została jednak przyjęta przez kierownictwo partii. W tym samym miesiącu ogłosił swoją rezygnację z objęcia mandatu poselskiego.