w roku następnym powrócił jednak z powrotem do Rostocku. Konflikt między zrewoltowanym mieszczaństwem a możnowładcami Meklemburgii trwał do 1491 i zakończył się ostatecznie zwycięstwem tych ostatnich, którzy obeszli się krwawo z pokonanymi przeciwnikami dokonując w 1491 egzekucji przywódców rebelii. Książęta zażądali ponadto ukarania miasta, nałożenia nań wyższej kontrybucji i obowiązku dostarczenia poborowych do armii meklemburskiej. Samo miasto zaś nie uzyskało statusu wolnego miasta Rzeszy.
Hinrich Boger (zm. 1505), miejscowy humanista, poeta i teolog opisał zemstę panów meklemburskich w jednym ze swoich poematów; później sam został dziekanem i proboszczem kościoła św. Jakuba.
Wydarzenia te przygotowały, jak się miało wkrótce okazać, sprzyjający grunt do zapanowania reformacji.
Reformacja zawitała do Rostocku w 1523 i szybko znalazła tu podatne podłoże – na jej rzecz działał Joachim Slüter, duchowny przy kościele św. Piotra a już w kwietniu 1531 rada miasta zdecydowała o obowiązku głoszenia nauk Lutra podczas nabożeństw. Rozpoczął się protestancki okres w dziejach kościoła św. Jakuba.