Odbudowa kościoła lub chociażby tylko zabezpieczenie ruin stało w sprzeczności z przyjętym przez władze w 1953 planem „nowego, socjalistycznego ukształtowania” centrum miasta, którego wyrazem miała być odbudowywana w sposób nowoczesny przebiegająca nieopodal ruin kościoła ulica Lange Straße – symbol nowego, socjalistycznego Rostocku. W 1957 wyburzono resztki ścian bocznych, w 1959 pozostałości prezbiterium a w 1960 korpus wieży. Plac po kościele oficjalnie nazwano „Klaus Störtebeker-Platz” (plac Klausa Störtebekera). Pozostał on niezabudowany przez cały okres istnienia NRD.
thumb|center|750px|Plac kościoła św. Jakuba w 2009; w oddali, zza bloków mieszkalnych widoczny jest czubek wieży kościoła Mariackiego Dziś wspomnieniem po nieistniejącym kościele św. Jakuba jest urządzony pomiędzy ulicami Apostelstraße, Bei der Jakobikirche i Pädagogienstraße plac pamiątkowy, Jakobikirchplatz. Kolumnada po stronie północnej odpowiada wysokości północnej nawy byłego kościoła. W północno-zachodnim narożniku założenia znajduje się zachowana płyta nagrobna z kościoła. Zarys przyziemia kościoła jest ponadto zaznaczony w ziemi kamieniami, natomiast mosiężne płyty wskazują miejsce dawnych organów, ołtarza, stalli książęcych i portali.