W 1938 roku został przeniesiony do Wiednia, by w 1939 zostać generałem majorem, a od sierpnia 1939 szefem Sztabu Dowodzenia Wehrmachtu w OKW.
Od sierpnia 1939 roku był szefem oddziału operacyjnego zarządu sztabu Wehrmachtu, a następnie szefem sztabu dowodzenia w Oberkommando der Wehrmacht. Od tego momentu był głównym autorem planów militarnych III Rzeszy, oraz bliskim doradcą Hitlera. Jak ocenia Howard J. Langer kampania w Polsce dała Hitlerowi i Jodlowi szansę ścisłej współpracy. Czuli do siebie wzajemny szacunek. Jodl podziwiał Hitlera, a ten generała za jego ocenę sytuacji i charakter. Jodl stał się jednym z najbardziej zaufanych doradców Fuhrera. Jodl uniknął przetasowań w wojsku, jakiemu poddawał Adolf Hitler swych generałów wskutek porażek armii niemieckiej na wojnie. Stał się zaufanym asystentem Wilhelma Keitla, wraz z którym przebywał w bunkrze w Berlinie, gdzie Hitler wydawał ostatnie rozkazy oraz oddawał władzę w ręce Karla Dönitza. Gdy zaczęto rozważać kapitulację, Jodl został wybrany jako reprezentant III Rzeszy.