Opady są niskie, jednak im wyżej tym są one wyższe. Lecz i tam notuje się niskie wartości opadowe. Południowe stoki grzbietów Hisaro-Ałaju i północno-zachodnie stoki Pamiru są zwrócone ku wilgotnym masom powietrza, toteż wartości opadowe dochodzą tam do 1600 mm. Tereny najniżej położone są bardzo suche, gdzie rocznie spada 150–250 mm deszczu rocznie. We wschodnim Pamirze jest bardzo sucho i średnie wartości opadowe wynoszą 60–80 mm rocznie. W górach opady mają głównie postać śniegu, zwłaszcza w Pamirze. Granica wiecznego śniegu przebiega na wysokości 3600 m n.p.m.
thumb|400px|Jezioro Kara-kul
Wody Sieć rzeczna Tadżykistanu jest rozwinięta nierównomiernie. Najgęstsza sieć rzeczna jest w górach co wiąże się z opadami, najmniej rzek jest na równinach w północnej i południowo-zachodniej części kraju. Niemal wszystkie rzeki należą do dorzecza Amu-darii, zlewisko tej rzeki obejmuje 3/4 powierzchni kraju. Głównymi dopływami są Piandż, Wachsz i Kafirnigan. Resztą powierzchni kraju zajmuje zlewisko Syr-darii, do której rzeki Tadżykistanu spływają z północnych stoków Grzbietu Turkiestańskiego. Niewielka część kraju jest obszarem, gdzie rzeki: Muzkoł, Karadżiłga i Akdżułga spływają do bezodpływowego jeziora Kara-kul.