ze względu na źródło węgla: autotrofy – pozyskują węgiel przez asymilację ; heterotrofy – pozyskują węgiel ze związków organicznych; ze względu na sposób odżywiania: prototrofy – z podstawowych składników pokarmowych potrafią zsyntetyzować dla siebie czynniki wzrostowe takie jak aminokwasy, zasady purynowe i pirymidynowe oraz witaminy; auksotrofy – mikroorganizmy uzależnione od obecności powyższych dodatkowych substancji odżywczych w pożywce; ze względu na źródło energii: fototrofy – pozyskują energię z promieniowania słonecznego; chemotrofy – pozyskują energię z utleniania organicznych lub nieorganicznych związków chemicznych; ze względu na źródło elektronów: litotrofy – źródłem elektronów są związki nieorganiczne, np. , , ; organotrofy – źródłem elektronów są związki organiczne; ze względu na preferowaną temperaturę: psychrofile – osiągające optymalne warunki wzrostu w temperaturze w zakresie od 0 do 20 °C; mezofile – maksymalna szybkość ich wzrostu ma miejsce w zakresie temperatur 20–42 °C; termofile – rosną najlepiej w temperaturach 40–70 °C, a termofile ekstremalne nawet w wyższych, dochodzących do 105 °C.