W czasie trwania powstania warszawskiego szpital przejął rolę szpitala powstańczego. W tym okresie budynki szpitalne uległy znacznym zniszczeniom. W roku 1945 rozpoczął na nowo swoją działalność jako „Miejski Szpital Dziecięcy nr 1”. Leczono dzieci nie tylko z Warszawy, ale z całego kraju. Zespół chirurgów składał się z lekarzy, którzy wcześniej nie pracowali z tak małymi pacjentami. W 1995 przeprowadzono generalny remont na Oddziale Chirurgii, a w następnych latach na kolejnych oddziałach m.in.: Niemowlęcego, Obserwacyjno-Wewnętrznego. Spowodowało to dużą poprawę warunków sanitarnych. W 1998 sytuacja szpitala uległa pogorszeniu wskutek włączenia go w struktury powiatu warszawskiego. Podjęto działania dążące do zamknięcia placówki.
Zmiana zarządu szpitala w 2000 roku spowodowała nową decyzję w sprawie likwidacji – szpital dostał nową szansę.