2012 W marcu 2012 w pierwszych pociągach Kolei Śląskich pojawiły się automaty z napojami i przekąskami obsługiwane przez Wars. 21 marca zaprzestano korzystania ze składów wagonowych złożonych z lokomotyw wypożyczonych od Lotos Kolej i wagonów od České dráhy. 1 czerwca przewoźnik przejął od Przewozów Regionalnych obsługę linii S6 Katowice – Głębce.
Przygotowanie do przejęcia wszystkich połączeń w województwie thumb|14WE zakupiony od SKM Warszawa thumb|Biletomat na dworcu w Gliwicach W czerwcu władze województwa śląskiego podjęły decyzję o zakończeniu współpracy ze spółką Przewozy Regionalne i przekazaniu połączeń Kolejom Śląskim. Stosowna umowa z Kolejami Śląskim na okres od 1 stycznia 2013 do 31 grudnia 2015 została podpisana we wrześniu. 19 listopada dodatkowo podpisano umowę przedwstępną na okres od 1 stycznia 2016 do 31 grudnia 2020.
20 czerwca zarząd województwa udzielił zamówienia spółce Tabor Szynowy Opole na naprawę wraz z modernizacją pierwszego SA109, 7 sierpnia spółce Newag na dostawę jednego zmodernizowanego EN57, 7 listopada na dostawę jednego 6-członowego elektrycznego zespołu trakcyjnego 35WE Impuls, a 30 listopada na dostawę jednego spalinowego zespołu trakcyjnego SA138.