Jego ciało zostało ekshumowane w nocy z 27 na 28 marca 2017 w związku z prowadzonym w Prokuraturze Krajowej śledztwem w sprawie katastrofy smoleńskiej.
Odznaczenia i upamiętnienie W 1995 otrzymał odznakę Adwokatura Zasłużonym oraz Złoty Medal „Opiekun Miejsc Pamięci Narodowej”. W 2001 odznaczony został Krzyżem Kawalerskim Orderu Odrodzenia Polski. 16 kwietnia 2010 został pośmiertnie odznaczony Krzyżem Komandorskim z Gwiazdą Orderu Odrodzenia Polski.. Tego samego dnia pośmiertnie został wyróżniony Medalem „Zasłużony dla Wymiaru Sprawiedliwości – Bene Merentibus Iustitiae”. W 2011 pośmiertnie wyróżniono go Nagrodą im. Edwarda J. Wende.
4 kwietnia 2012 na budynku siedziby Naczelnej Rady Adwokackiej przy ul. Świętojerskiej 16 w Warszawie odsłonięto tablicę pamiątkową poświęconą czterem ofiarom katastrofy smoleńskiej pochodzącym ze środowiska adwokackiego, w tym Stanisławowi Mikke.
25 lutego 2016 Rada m.st. Warszawy na wniosek Naczelnej Rady Adwokackiej nadała nazwę Stanisława Mikkego ulicy położonej po wschodniej stronie ul. Czerniakowskiej, w bezpośrednim sąsiedztwie sądów gospodarczych.