12 kwietnia 2010 władze, pracownicy i studenci Uniwersytetu Jagiellońskiego w Collegium Novum Uniwersytetu Jagiellońskiego przed tablicą katyńską złożyli kwiaty i zapalili znicze, czcząc w ten sposób pamięć dwojga pracowników UJ, którzy zginęli pod Smoleńskiem: Ewy Bąkowskiej i Andrzeja Kremera. Dnia 16 kwietnia 2010 jej ciało zostało sprowadzone do Polski, a następnie po ceremonii państwowej przewiezione, wraz z innymi tragicznie zmarłymi ofiarami katastrofy, w kondukcie żałobnym do hali stołecznego Torwaru. Została pochowana 26 kwietnia 2010 na cmentarzu Salwatorskim w Krakowie (sektor SC13, rząd 1, nr grobu 53).
30 kwietnia 2010 w Szkole Podstawowej nr 4 im. gen. Mieczysława Smorawińskiego w Turku odsłonięto poświęconą jej tablicę pamiątkową.
Była zamężna z Dariuszem Bąkowskim od 1986, po ślubie zamieszkiwali przy ulicy Smoleńsk w Krakowie, mieli dwie córki, Monikę i Magdalenę.
8 lutego 2011 w sali wystawowej Biblioteki Jagiellońskiej otwarto wystawę „Ewa Bąkowska, jaką znaliśmy, jakiej nie poznaliśmy...”.
Odznaczenia 2001- Brązowy Krzyż Zasługi
2008- Srebrny Medal za Długoletnią Służbę
2010- Krzyż Kawalerski Orderu Odrodzenia Polski (pośmiertnie, 16 kwietnia 2010).