Pierwotny plan asanacyjny z 1887 przewidywał nie tylko likwidację getta żydowskiego, ale także rozległe wyburzenia na całym Starym Mieście i części Nowego Miasta. Tak wielkie przekształcenia okazały się jednak zbyt kosztowne i radni z nich zrezygnowali. Końcowy plan asanacyjny, uchwalony w roku 1893, ograniczał się więc tylko do getta, ingerując w niewielki obszar Starego i Nowego Miasta. W międzyczasie zostały przyjęte uchwały dotyczące wywłaszczeń (11 lutego 1893). Obszar poddany asanacji miał powierzchnię około 380 000 m², znajdowało się na nim ponad 600 budynków.

Częściowe wyburzenia rozpoczęły się już w 1895, masowe rozbiórki trwały jednak przede wszystkim od końca 1896, kiedy z domów musieli się wyprowadzić mieszkańcy. Cała akcja miała się zakończyć w roku 1903.

Pod presją społeczną w 1896 została powołana Komisja Artystyczna, która miała za zadanie dokumentować zabytki sztuki przeznaczone do zniszczenia i ewentualnie ochronić niektóre wartościowe elementy. Getto zostało utrwalone na licznych fotografiach, obrazach olejnych Jana Minaříka i 150 akwarelach Václava Jansy.