3 lutego 2016 roku Mustafi otrzymał czerwoną kartkę, a także sprokurował rzut karny podczas przegranego 0:7 meczu półfinałowego Pucharu Króla z Barceloną. Po spotkaniu oficjalnie przeprosił kibiców, a także prosił ich o wybaczenie.
30 sierpnia 2016 roku Mustafi został zawodnikiem angielskiego Arsenalu. W barwach klubu zadebiutował 10 września tego samego roku, wychodząc w podstawowym składzie na wygrany 2:1 mecz ligowy z Southampton.
Kariera reprezentacyjna Z uwagi na swoje pochodzenie, Mustafi uprawniony był do reprezentowania Albanii lub Niemiec, jednakże zdecydował się występować w barwach tego drugiego kraju. W 2009 roku wraz z reprezentacją Niemiec do lat 17 zdobył młodzieżowe Mistrzostwo Europy.
W lutym 2014 roku Mustafi został powołany przez Joachima Löwa do składu reprezentacji Niemiec na towarzyski mecz z Chile. Na debiut w seniorskiej kadrze czekał do 13 maja 2014 roku, gdy rozegrał pełne 90 minut towarzyskiego spotkania z Polską. Znalazł się w szerokiej kadrze na Mistrzostwa Świata 2014, nie znalazł się jednak w ostatecznym składzie. Po kilku dniach został dowołany na turniej w miejsce kontuzjowanego Marco Reusa. Na mistrzostwach wystąpił w pierwszym meczu Niemców z Portugalią, zmieniając w 73. minucie Matsa Hummelsa.