Członek Państwowej Rady Ochrony Przyrody 2004–2008, 2014–2019, członek zespołu Prezydenta RP do opracowania projektu ustawy regulującej status dziedzictwa przyrodniczego i kulturowego Puszczy Białowieskiej.
Od 29 grudnia 2007 podsekretarz stanu w Ministerstwie Środowiska, z dniem 16 kwietnia 2009 premier Donald Tusk powołał go na funkcję głównego konserwatora przyrodyGłówny konserwator przyrody. 9 kwietnia 2014 został odwołany na własną prośbę z obu stanowisk. Od 29 maja 2014 do 18 listopada 2015 Zastępca Dyrektora Lasów Państwowych do spraw gospodarki leśnejLasy Państwowe.
Działalność zawodowa i publiczna Janusz Zaleski pełnił funkcję podsekretarza stanu w Ministerstwie Środowiska, głównego konserwatora przyrody. Koordynował sprawy związane z edukacją ekologiczną i komunikacją społeczną. Sprawował nadzór nad działalnością: Państwowego Gospodarstwa Leśnego „Lasy Państwowe”, Centrum Informacji o Środowisku, Biura Nasiennictwa Leśnego, Instytutu Badawczego Leśnictwa, Instytutu Ekologii Terenów Uprzemysłowionych.