ponownie działa w Ogólnopolskim Towarzystwie Ochrony Ptaków, gdzie koordynuje kampanie przyrodnicze i projekty związane ze wzmacnianiem ochrony cennych przyrodniczo obszarów.
Współzałożycielka Fundacji Greenmind i Fundacji dla Biebrzy.
Działania podjęte w celu ochrony Doliny Rospudy Małgorzata Górska od 2002 prowadziła kampanię na rzecz zmiany przebiegu planowanej drogi ekspresowej Via Baltica. Przyczyniła się do powstania koalicji organizacji pozarządowych, osób świata nauki oraz prawników i osób indywidualnych, w której skład weszły m.in. Polska Zielona Sieć, WWF Polska, Greenpeace Polska, Ogólnopolskie Towarzystwo Ochrony Ptaków, Pracownia na rzecz Wszystkich Istot, Centrum Ochrony Mokradeł czy SISKOM. Była współorganizatorką akcji społecznej podczas której ludzie nosząc zielone wstążki dawali wsparcie dla idei ochrony Doliny Rospudy. Ciągle szukała informacji i zbierała dane na temat wpływu budowy Via Baltica na środowisko naturalne Doliny. Małgorzata Górska była też aktywna w mediach: udzielała wywiadów oraz brała udział w licznych debatach. Ponadto o jej działalności pisały czasopisma. W 2004 roku, po dołączeniu Polski do Unii Europejskiej, program Natura 2000 objął pod ochronę tereny Doliny Rospudy.