Dlatego zdecydowano się wykorzystać interferometrię jednoprzebiegową. W tym celu prom kosmiczny Endeavour wyposażono w ramię o długości 60 metrów, na którego końcu zainstalowano anteny odbiorcze dla obu pasm X i C. Na pokładzie promu znalazły się natomiast anteny zarówno nadawcze i odbiorcze.
Zbieranie danych Najważniejszą i jednocześnie najtrudniejszą częścią projektu SRTM było samo zebranie danych wysokościowych. Zadanie to powierzono sześciu astronautom na pokładzie amerykańskiego promu kosmicznego Endeavour w ramach misji STS-99. Lot rozpoczął się na Florydzie 11 lutego 2000 roku o godzinie 12:44 czasu lokalnego. Po starcie prom ustawiony został na orbicie o inklinacji 57º na wysokości 233 km na Ziemią. Zbieranie danych wymagało od załogi bardzo dużej precyzji i ostrożności, gdyż misja została zaplanowana w najmniejszych szczegółach, tak że w razie błędu maszyny lub człowieka nie było możliwości jej wydłużenia w celu ponownego zebrania danych.