W okresie permu teren Kłodzka był zrównany i lekko falisty, co spowodowało, że na teren ten wkroczył zalew morza cechsztyńskiegoKłodzko. Dzieje miasta, op. cit., s. 24.. Era mezozoiczna (240–67 mln lat) była przeważnie suchaM. Klimaszewski, Rozwój geomorfologiczny terytorium Polski w okresie przedczwartorzędowym, „Przegląd Geograficzny”, 30: 1958, s. 3–43..
Kenozoik Obecna era geologiczna – kenozoiczna (od 67 mln lat) przyniosła wiele wydarzeń, które w sposób bezpośredni rzutują na obecne stosunki geologiczne. Nastąpiły silne ruchy górotwórcze: ortogeneza saksońska i alpejska. Około 26 mln lat temu średnie temperatury na tym terenie wynosiły ok. 20° przy opadach 1200–1800 mm. Następnie panowały warunki klimatyczne zbliżone do obecnej sawanny afrykańskiej. W tym czasie (ok. 25–10 mln lat) pra-Nysa Kłodzka rzeźbiła w podłożu liczne meandry na północ od obecnego Kłodzka. Ortogeneza młodosaksońska przyniosła wypiętrzenie się Masywu Śnieżnika oraz wycięcie dookolnymi uskokami tektonicznymi Kotliny Kłodzkiej. Z kolei plejstocen przyniósł ogólne zlodowacenie, które zostało zakończone 430–240 tys. lat temu, w tym czasie Nysa Kłodzka odtwarzając swój bieg nie trafiła na stare koryto, które poprzednio wyrzeźbiła na zachód od Fortecznej Góry na odcinku: Książek – most kolejowy na Ścinawce przez Mikowice i Leszczyny.