Ołtarz główny Głównym elementem wyposażenia była gotycka nastawa ołtarzowa pochodząca z 1430. Nastawa ta, wysoka na 4 m i szeroka na 10 m (z otwartymi skrzydłami) była największą tego rodzaju w całym basenie Morza Bałtyckiego. Rozbudowana struktura nastawy zawierała 42 figury świętych w części przedniej oraz 16 obrazów w tylnej. Uratowany z pożogi wojennej ołtarz został po odrestaurowaniu w 2008 wystawiony w południowej kaplicy kościoła św. Mikołaja. Jego renowacja została dokonana z datków w wysokości 750 000 euro zebranych za pośrednictwem Förderkreis St. Georgen zu Wismar e.V. (pol. Komitet Wspierania kościoła św. Jerzego w Wismarze; zał. w 1987).
Powstał jednak spór czy ołtarz po przeniesieniu go do kościoła św. Jerzego ma być ustawiony na swoim dawnym miejscu na osi środkowej kościoła (za czym optuje kościół lokalny Evangelisch-Lutherische Landeskirche Mecklenburgs oraz Komitet Wspierania) czy też ma stać z boku (co popiera burmistrzyni Rosemarie Wilcken oraz fundacja Deutsche Stiftung Denkmalschutz)Joachim Grehn: "Der Altar gehört mitten in die Georgenkirche". Frankfurter Allgemeine Zeitung (Leserbrief), 19. Februar 2009. Komitet Wspierania zebrał pod swoją inicjatywą ponad tysiąc podpisów mieszkańców miasta.