Po wojnie zamieszkał w Szwajcarii, gdzie został kierownikiem muzycznym rozgłośni radiowej Beromünster i naczelnym dyrygentem Radia Szwajcarskiego. Przy poparciu UNESCO stworzył w Gravesano studio muzyki elektroakustycznej.
Propagował utwory kompozytorów awangardy muzycznej, jak Arnold Schönberg, Alban Berg, Anton Webern, Paul Hindemith, Ernst Křenek, Richard Strauss, Karl Amadeus Hartmann, Edgar Varèse, Luigi Nono, Gian Francesco Malipiero, Luigi Dallapiccola, Paul Dessau, Boris Blacher, Hans Werner Henze, Karlheinz Stockhausen i Iannis Xenakis.
W latach pięćdziesiątych XX wieku zajmował się także wykonywaniem i nagrywaniem mało znanych wówczas utworów Johanna Sebastiana Bacha, szczególnie kantat, przy czym współpracował ze znakomitymi solistami, jak Hilde Rössel-Majdan (kontralt). Niektóre z tych nagrań po rekonstrukcji elektronicznej są nadal dostępne w handlu, i mimo upływu czasu stanowią przykłady nowoczesnej interpretacji muzyki dawnej.
Hermann Scherchen był krótko żonaty z aktorką Gerdą Müller, a po rozwodzie ożenił się powtórnie z kompozytorką chińską Xiao Shuxian. Córka z tego małżeństwa Tona Scherchen (ur.